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在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后,地球圈取得了短暂的和平。这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议,并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
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阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛,江户川柯南(高山南 配音)、灰原哀(林原惠美 配音)、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,事务所内的毛利小五郎(小山力也 配音)却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力,小兰(山崎和佳奈 配音)终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语,…