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受到英国方面的邀请，工藤新一（山口胜平 配音）、小兰、阿笠博士（绪方贤一 配音）启程前往伦敦。在日本这一边，似乎有什么人物盯上了住在步美（岩居由希子 配音）家的灰原哀（林田惠美 配音），而柯南（高山南 配音）也专程打电话告诫光彦（大谷育江 配音）不要让灰原靠近博士的家。与此同时，光彦意外在姐姐的时尚杂志上发现一个名叫Gres…
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新的学年开始，忍术学园的忍蛋们陆续回校，可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现。原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了，喜三太得到的是六年级的作业，其任务是偷出大间贺时城主的兜裆布。为了找回喜三太，园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太。另一方面，大间贺时正与邻近的黄昏城激战，乱太郎等叶…
